My expected version:

When I updated my Mac Os X to the 10.7 version, I have two very dispointed surprises:
First, the “old” Xcode 4 was not running, it is necessary to update to a newer version, a very nice 3 Gb download.
Second, you open the Xcode, choice to build/install and when you run the mysqld, seg fault!

You spend 1 hours trying to figure out what happend, checking configuration, debugging, and you find and weird error when using pthread.

What is happened:
Xcode 4.1 pthread library was a bug (or feature) that the pthread_init function is not exported or exists, I do not know very well.

How to fix:
Open the configure.cmake file from the MySql source, go to the line 394, that should be:
CHECK_FUNCTION_EXISTS (pthread_init HAVE_PTHREAD_INIT)

change it to:

IF (NOT CMAKE_OSX_SYSROOT)
CHECK_FUNCTION_EXISTS (pthread_init HAVE_PTHREAD_INIT)
ENDIF (NOT CMAKE_OSX_SYSROOT)

Generate again the configurations for Xcode:
cmake . -G “Xcode”

Open the project at the Xcode, build install or run the mysqld and be happy :-)

Ps: I tested with MySql 5.5.14 and Xcode 4.1

source: https://github.com/mxcl/homebrew/issues/6277

https://github.com/CharlieRoot/homebrew/blob/44db2406d3d71cb5882627581a7dee1c4acbe0a6/Library/Formula/mysql.rb

No mundo nerd, dedico meu tempo principalmente ao Genoogle e sua interface web, ao mundo do Twitter, (@felipealbrecht) e a jogar o beta do Starcraft 2. Nada de mais, nada de muito interessante, o mais legal que fiz foi fazer uma palestra no InfoGlobo sobre o Google e métodos de desenvolvimento.

No mais, é isto, minha mudança para a Alemanha que deveria ter ocorrido dia 10, foi transferida, a princípio, para o dia 22 de março. Lá irei trabalha na Karlsruhe Tecnlogy Consulting primeiramente com o desenvolvimento de software para a conservação de energia.

Aliás, continuo procurando almas nerd-caridosas que estejam com vontade de desenvolver o Genoogle, tanto o seu núcleo quanto a intereface web.

O Fábio Hernandes escrevia na VIP a diversos anos atrás. Lembro-me com meus 16 a 18 anos, talvez mais ou menor, lendo os textos dele na última página da revista. Lembro-me do seu tio, um homem sábio do interior, lembro-me, mas esqueço-me de diversas lições entre as suas linhas escritas. Então, hoje sem motivo, procurei ele no google e descobri o seu blog e seu twitter: @ohomemsincero.

Se… se eu não tivesse deixado de lê-lo nos últimos anos, ou até mesmo, se eu o tivesse lido alguns de seus textos no último mês, eu não teria cometido erros tão infantis.

Apenas para complementar, um pequeno texto dele:

“No mundo perfeito, os casos de amor terminariam na hora certa. No último beijo que funcionou. Na última vez em que o amor e a generosidade triunfaram sobre o ódio e a mesquinharia. Mas isso não acontece. A gente sempre ultrapassa o ponto ideal no término dos relacionamentos. É a maldição dos homens e mulheres apaixonados.”

Talvez não seja a melhor escrita, talvez tenham lugares comuns e coisas óbvias, ou até contraditórias, mas não me importo, isto não é uma obra literária, é o meu caminho. Admito que continuo falhando diversas vezes, mas sempre com o desejo de um dia conseguir realiza-las.

A seguir, um copy and paste do meu arquivo “leis.txt”:


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1 - A dor traz a forca.
2 - A vida nao é cor de rosa.
3 - A ignorancia traz a felicidade.
4 - Supere-se a cada instante.
5 - Faca o que deve ser feito. Faca! Nao espere e nao tema o preco.
6 - Sempre estejas pronto para morrer, mas nunca disposto.
7 - Enxergue alem do que a visao mostra.
8 - Saiba o que voce quer.
9 - O tempo passa, o correto não é permanente
10 - Lute até que sua forca acabe. Quando acabar, renove-a.
11 - Sonhos existem para se tornarem realidade.
12 - Seja honesto com todos, principalmente consigo.

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• Enterrei meu pai, senti profundas saudades, mas levo uma grande lição: Carro não é brinquedo.
• Vi uma das maiores demonstrações de amor, de minha mãe pelo meu pai. Esta foi outra grande lição: Fique perto de quem você ama, especialmente nos momentos difíceis.
• Terminei um relacionamento longo. Outra lição: Fique perto de quem acrescenta algo.
• Voltei a trabalhar num lugar que já tinha trabalhado, não gostado e trabalhei por menos de 45 dias. Saiba onde você quer trabalhar e onde quer chegar.
• Praticamente aprendi uma nova profissão “extra”, onde basicamente tirei todo o meu sustento no ano: Aprenda coisas novas, vire-se com elas e veja que nas dificuldades, oportunidades. Lugar comum? Pode ser, mas é difícil na prática.
• Entre dificuldades, tanto pessoais como burocráticas, terminei meu mestrado: Tenha foco e complete seus objetivos.
• Comecei um relacionamento, porém, durou poucos meses: Conheça as pessoas, respeite-as, mas saiba o tipo de gente que você quer ao seu lado.
• Comecei uma prática nova, Yoga: Não fique preso a preconceitos, lugares comuns e faça algo completamente diferente do que és acostumado a fazer.
• Fui à Alemanha e a Holanda: Arrisque!
• Graças ao Yoga, conheci pessoas maravilhosas. E graças a estas pessoas, estou indo trabalhar na Alemanha: Conheça pessoas, e saiba quem você quer do seu lado.
• Lancei meu primeiro projeto grande: O Genoogle (http://genoogle.pih.bio.br) não sei se será um sucesso, quantas pessoas irão usa-lo, mas fiz algo. Fiz!
• Tive novas amizades e fortaleci as antigas.
• Tive paixões, algumas não correspondidas, outras que eu não quis corresponder, mas me apaixonei e gostei de todas as paixões e só guardo boas recordações delas.
• Emagreci mais de 12 quilos: Cuide da sua saúde. Não emagreça pela aparência, mas pela sua saúde. Okay, as gatinhas vem de brinde ;-)
• Dei aula e palestras em faculdades. Foi bem legal e acho que eu seria bom professor.
• Assumi minha postura de Java Boy, mas sei que em 2010 o C# me espera. Não quero ficar preso a nenhuma tecnologia.
• Comecei a usar o twitter. Depois de ter falado mal, comecei a usar e gostei, mas deixo minha following list bem enxuta. Quem quiser me seguir no twitter: http://twitter.com/felipealbrecht.
• Li livros, alguns nerds, muitos tecnicos, várias histórias, poucos romances, mas todos me ensinaram algo.
• Conversei, levei muito esporro, dei alguns, mas nenhuma mágoa ficou.
• Arrisquei, perdi algumas vezes, mas aprendi muito neste ano que passou. E já estou aprendendo muito neste 2010.

Aqui é um blog nerd, não pessoal, mas sinceramente, eu gosto de errar. Nesta última semana cometi alguns erros extremamente infantis, mas, sinceramente, foram bons. Aprendi mais sobre a personalidade das pessoas (algo difícil para um nerd) e o aprendizado está enraizado.

Então é isto, bom 2010 a todos! E prometo mais textos nerds neste ano!

A princípio parecia simples,definir um novo alfabeto, tirando o T do DNA e adicionando o U. Porém estou fazendo um trabalho bem mais amplo. Agora que o Genoogle está começando a ficar maduro, estou organizando melhor a estrutura de classes e os Junits. Como exemplo da mudança, o “diff” está em mais de 3.700 linhas de código. Acredito que esteja valendo a pena. Ano que vem, no início quero fazer um anúncio mais formal do Genoogle nas principais listas de discussão de bioinformática brasileiras e estrangeiras.

Fora o trabalho na estrutura interna do Genoogle, eu gostaria de trabalhar na interface Web dele. Estou meio sem tempo, porém se tu tiveres vontade de trabalhar com GWT (http://code.google.com/webtoolkit/), um pouco, bem pouco de SQL e muito de Java, contate me para conversamos!

Então, por isto novamente estou fazendo a propaganda aqui.
Se você gosta de genética, programação, desenvolvimento, algoritmos, procura um projeto interessante para se envolver, visite a página do Genoogle, baixe os binários, os fontes, inscreva-se no grupo, e participe!

O Genoogle é um concorrente do NCBI-BLAST, um dos softwares mais utilizados e citados na área de bioinformática, e tenho certeza que o Genoogleé capaz de abocanhar uma fatia destes usuários!

Eu ainda não fiz um anuncio em grandes listas de discussão, pois ainda quero mais usuários, encontrar e corrigir mais bugs e ter uma versão mais estável. Então, o Genoogle precisa de VOCÊ!

Genoogle é o software que eu desenvolvi durante meu mestrado. Ao contrário da grande maioria das dissertações e teses acadêmicas, decidi pesquisar (lado científico) uma técnica e fazer (lado engenharia) um software funcional que implementasse a técnica pesquisada e desenvolvida.

O resultado é o Genoogle, que é um “Similar DNA Sequences Searching Engine and Tools”, ou melhor, um motor de busca de sequências genéticas similares e ferramentas. Através de uma sequência de entrada, ele pesquisa as sequências similares num conjunto de sequências. Esta busca é feita utilizando-se técnicas de indexação de dados, para otimizar o algoritmo de busca, e paralelização, para utilizar a capacidade computacionais dos computadores multicore. O Genoogle possui como interfaces o modo texto, página web e web services.

O Genoogle esta licenciado sob a GPL 3. Ou seja, código fonte aberto para modificar, estudar, mexer e principalmente: melhora-lo! Alias, há diversos assuntos a serem melhorados no Genoogle, desde a construção das páginas de consulta com JSP, otimização do código, criação de testes, e implementação e testes de novos algoritmos.
Então, se você é da área de bioinformática, ou de programação, ou gosta de desafios: visite genoogle.pih.bio.br para conhecer o projeto (e participar!), inscreva-se na lista de discussão em http://groups.google.com/group/genoogle e baixe o software e os fontes em http://svn.pih.bio.br/genoogle-packages/current/.

Todos os comentários são bem vindos!

Pesquisando um pouco, descobri que estes comportamentos anormais são por causa de algumas modificações do GTK
e que o Swt não corrigiu o modo de acessar esta biblioteca. Felizmente a solução do problema é bem simples:
antes de inciar o Eclipse, execute este comando:

export GDK_NATIVE_WINDOWS=true

e execute o Eclipse normalmente. Tudo irá funcionar bem!

No meu caso, que inicio o Eclipse por um ícone no desktop, eu criei um arquivo “eclipse.sh” com:

export GDK_NATIVE_WINDOWS=true
~/java/eclipse/eclipse

(onde ~/java/eclipse é onde está o Eclipse), dei permissão de execução para este script: chmod +x eclipse.sh
e no íncone, mudei o comando para executar o eclipse.sh. Simples e funcionou!
Alias, vi que este bug será corrigido na versão 3.5.2.