Taverna – workflows para bioinformática

Workflow pode ser definido como seqüência de passos necessários para que se possa atingir a automação de processos de negócio, de acordo com um conjunto de regras definidas. [Wikipedia]

Na bioinformática é comum a utilização de workflows “hard coded”, ou seja, scripts, normalmente escrito na linguagem perl. Estes scripts obtem informações, as processam e retornam um resultado.
Entre os problemas desta abordagem estão a necessidade do pesquisador conhecer programação e a dificuldade para outros pesquisadores de compreender o funcionamento do script.

Para facilitar a construção de tarefas que envolvam vários processos, os workflows, existem softwares visuais em que o pesquisador modela utilizam uma abordagem muito similar aos antigos fluxogramas.
Fluxograma

Do workflows para bioinformática existentes, destacam-se o Kepler e o Taverna.
O primeiro, Kepler, é um workflow mais abrangente, que pode ser utilizado para cálculos matemáticos, de engenharia e de bioinformática.
O segundo, o Taverna e tema deste texto tem como propósito ser um workflow específico para bioinformática.

Taverna

O taverna possui editor visua, onde escolhe-se as tarefas a serem executadas e as relações entre elas, por exemplo, quem e quando deve ser executado e todo o workflow é exibido graficamente para o usuário.
As tarefas podem ser executados como processos locais, serem invocadas remotamente através de XML RPC, ou podem se scripts escritos em Java.

Entre as vantagens do Taverna pode-se destacar a boa documentação e lista de discução ativa, multiplataforma, executando em Linux, Mac e Windows e código aberto.
Para quem está iniciando na Bioinformática é interessante para conhecer-se as principais questões e atividades na bioinformática e para o usuário médio e até avançado, utiliza-lo como uma maneira de facilitar a criação e manutenção de atividades na bioinfomática.


Links:
Taverna em http://taverna.sourceforge.net/.
Download e manual do taverna em http://taverna.sourceforge.net/index.php?doc=download.html.
Manual do Taverna em HTML em http://www.mygrid.org.uk/usermanual1.5/manual.html.
Kepler em http://kepler-project.org/.
Publicações sobre o taverna em http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=pubmed&cmd=search&term=taverna[ti].

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