InterPro

Nós, os ciêntistas da computação, temos um problema na bioinformática que é o conhecimento dos táxons trabalhados, por exmeplo, o nome das espécies, de famílias, de genes e proteínas.
Trabalhamos com os dados, as informações moleculares, porém abstraímos do que estas informações tratam.

Em pesquisas, por exemplo, de filogenia, é importante saber do que as seqüências trabalhadas tratam. Se são proteínas ou genes de alguma família específica, qual é a função desta família, qual é a estrutura desta famílias, entre outros. Porém os cientistas da computação, em nenhum momento da formação tiverem contato com tais informações.

Uma página que vem me ajudando, é o InterPro.

InterPro é um banco de dados de famílias de proteínas, domínios e sítios funcionais na qual características identificáveis encontradas em proteínas conhecidas podem ser aplicadas em seqüências de proteinas desconhecidas.

Desta maneira, pode-se pesquisas sobre proteínas no Interpro. Por exemplo, experimente pesquisas sobre “haemoglobin” e terás uma página com diversas hemoglobinas identificadas e em cada uma, uma vasta gama de informações, tanto estruturais, filogenéticas e publicações sobre a proteína.

Outro link interessante, é o Protein of the Month, onde cada mês uma proteína é escolhida e é feita uma descrição sobre a proteína.

Também é disponível, tanto para uso on line, como para download, o software InterPro Scan. Que permite a entrada de uma seqüências protéica a pesquisa por similaridade nas seqüências do banco de dados, retornando as características similares a outras proteínas.


Links
Interpro em http://www.ebi.ac.uk/interpro/
Proteína do mês em http://www.ebi.ac.uk/interpro/potm/archive.html
Sobre a hemoglobina no wikipedia e no Protein of the Month.

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