Genoogle!

Genoogle é o software que eu desenvolvi durante meu mestrado. Ao contrário da grande maioria das dissertações e teses acadêmicas, decidi pesquisar (lado científico) uma técnica e fazer (lado engenharia) um software funcional que implementasse a técnica pesquisada e desenvolvida.

O resultado é o Genoogle, que é um “Similar DNA Sequences Searching Engine and Tools”, ou melhor, um motor de busca de sequências genéticas similares e ferramentas. Através de uma sequência de entrada, ele pesquisa as sequências similares num conjunto de sequências. Esta busca é feita utilizando-se técnicas de indexação de dados, para otimizar o algoritmo de busca, e paralelização, para utilizar a capacidade computacionais dos computadores multicore. O Genoogle possui como interfaces o modo texto, página web e web services.

O Genoogle esta licenciado sob a GPL 3. Ou seja, código fonte aberto para modificar, estudar, mexer e principalmente: melhora-lo! Alias, há diversos assuntos a serem melhorados no Genoogle, desde a construção das páginas de consulta com JSP, otimização do código, criação de testes, e implementação e testes de novos algoritmos.
Então, se você é da área de bioinformática, ou de programação, ou gosta de desafios: visite genoogle.pih.bio.br para conhecer o projeto (e participar!), inscreva-se na lista de discussão em http://groups.google.com/group/genoogle e baixe o software e os fontes em http://svn.pih.bio.br/genoogle-packages/current/.

Todos os comentários são bem vindos!

2 thoughts on “Genoogle!

  1. É uma continuação do seu TCC na Furb também certo? Bem interessante, espero tirar um tempo para estudá-lo, apesar de não entender nada do assunto de bioinformática. Parabéns pelo trabalho.

  2. Ele é um trabalho novo. NO tcc foi um trabalho sobre inferências filogenéticas, este trabalho é sobre busca de sequencias similares. Mesmo sendo genomica comparativa, sao duas áreas diferentes.
    Se quiser estudar, tem a dissertacao em portugues, é interessante para ter uma visão do trabalho e do software.

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